El diseño consiste en un paño color azul, en la parte inferior se alza una franja color dorado resaltando seis cumbres, las cuales están cubiertas en su parte superior por un borde blanco. Encima de éstos, y delante del fondo azul, 5 estrellas blancas conforman la Cruz del Sur de forma inclinada.

El color azul representa al cielo nocturno, en tanto que las cumbres doradas simbolizan la estepa de la región magallánica, como a su vez el blanco señala la nieve que cae en el duro invierno magallánico. La Cruz del Sur (estrellas) simboliza la posición austral de la zona.

 

En la actualidad, la banderade Magallanes es un emblema regional usado frecuentemente por los habitantes de la región. Quienes se sienten representados y orgullosos de llevar sus colores cotidianamente.

La bandera regional debe ser izada obligatoriamente en la región:

El 21 de septiembre -Fecha de Toma de posesión del Estrecho de Magallanes,

29 de septiembre -Incorporación de la Patagonia a Chile, y

21 de octubre -Día Regional.