Más allá de constituir en sí un emblema regional, cada uno de sus componentes encierra un significado en particular.
La Bandera de la Región de Magallanes y Antártica Chilena es rectangular, teniendo el alto dos tercios de su longitud, y está dividida en dos campos. El superior de color azul, donde campea la constelación de la Cruz del sur, y el inferior de borde aserrado, que simboliza un horizonte montañoso, en color amarillo ocre. Ambos campos están separados por una franja blanca angosta que separa el campo amarillo del azul.
El amarillo ocre es el colorido de la vegetación típica de la estepa, la forma fisiográfica más característica de la geografía regional, expresiva a su vez de la riqueza de su suelo y de su subsuelo. La banda blanca paralela al borde aserrado simboliza la nieve que corona las montañas.
La bandera de la Región se enarbolará conjuntamente con la nacional en cada oportunidad que lo disponga el Gobierno Regional o la Intendencia Regional y, en todo caso obligatoriamente, a nivel Regional, los días 21 de Septiembre, fecha recordatoria a la Toma de Posesión del Estrecho de Magallanes; 29 de Septiembre, fecha recordatoria a la incorporación de la Patagonia a la jurisdicción Chilena; 21 de Octubre, Día de la Región de Magallanes y Antártica Chilena.